2013版在2000版的基础上，全面修正和提出了有害生物防治的农药原则，首次提出了绿色食品有害生物防治的准则展变原则，2020版又在2013版基础上，化及对具体措施更加具体化和明确化。特点首先，分析绿色食品生产病虫害防治以生态系统为基础，绿色在农业生态系统中，食品使用充分考虑“病三角”和“虫三角”的农药相互关系，保持和优化生态系统。准则展变在综合防治方法上，化及优先采用农业防治、特点物理防治和生物防治等与环境相融和回归农业本源的分析基础措施；农业防治是最基础的、也是绿色最有效的措施，物理和生物技术是利用有害生物对外界环境和生物种群的内部关系而确定的有效技术，是最实用、最直接的措施；最后才考虑如何使用农药，且农药使用的前提是已经充分实施了农业、物理和生物控制措施并确保人员、产品和环境安全的前提下，才允许使用绿色食品允许使用的低风险的化学农药。从理念上讲，由“预防为主，综合防治”的综合治理理念升华到“绿色防控，公共植保”的绿色发展理念。
2013版标准首次运用综合评价方法对国家登记管理农药进行科学筛选，评价条件依据包括WHO农药危害性分类、中国农药毒性分类、国际粮食与农业组织/世界卫生组织（FAO/WHO）农药残留专家联席会议（JMPR）风险评估结果和发达国家登记使用情况等，特别是根据国内人群的膳食暴露风险评估结果，按农药每日允许摄入量（ADI）的20%进行筛选，评估安全系数提高5倍。2020版标准在延用上述评价条件基础上，创新提出并纳入农药药迹指数（农药对人类健康和生态环境危害性的综合指标）评价，同时排除对蜂、鸟、鱼、蚯蚓有剧毒的农药品种，此外更加注重生产需要，尽量兼顾各地主要农作物用药情况。
2020版最显著的特点是农药选择的依据，规定所选用的农药应符合相关的法律法规，并获得国家在相应作物上的使用登记或省级农业主管部门的临时用药措施。相较2013版，在保证符合国家农药登记管理规定的前提下，2020版特别强调了登记的作物，因为相同的农药在不同的作物上的降解速度、残效时间、残留量都不相同，因此，从保证农产品质量安全看，强调农药与作物的关系比强调与病虫害的关系更加科学和合理。另外针对小宗作物或小宗特色作物，有地域属性或者区域属性，现有的登记制度不能全覆盖的情况，增加了“省级农业主管部门的临时用药措施”条款，根据《农药登记管理办法》，经农业农村部备案的省级农业主管部门临时用药措施，如同时在绿色食品允许使用农药清单中也可使用，为小宗作物的用药需求提供了一条路径。
2013版标准首次借鉴国际先进标准体系的农药管理模式，建立了绿色食品标准与国家食品安全标准，绿色食品农药使用准则与绿色食品产品评价标准之间的有效衔接。即绿色食品允许使用的农药在最终产品中的农药残留要符合GB 2763《食品安全国家标准食品中农药最大残留限量》的要求。不是绿色食品允许使用的化学农药种类，最终农药残留的默认限量为0.01 mg/kg，与欧盟等发达地区标准中的一律限量标准保持一致。
《绿色食品农药使用准则》实施后，对农产品安全质量、农业环境保护和绿色产业升级将有巨大的推动和促进作用。首先，随着食品安全规范管理和逐步升级，对外来化学投入品（农药）的要求也越来越高，因此，在“减药减肥”的大环境下，实施具有可操作性和监督作用的生产方式，是落实党中央绿色发展理念的重要举措。绿色食品从农药投入的源头出发，以“准则”的形式，将“减肥减药”作为标准化生产方式推进和实施，落实农业农村部提出的“三品一标”的发展模式。其次，随着农业发展的“安全、环保”理念的推进，为绿色食品产业带来强劲活力的同时，绿色食品不忘初心，对环境安全更加关注，在评估农药清单时更增加关注环境效益，逐渐剔除了对环境有伤害、对非靶标生物不利的农药种类，如菊酯类农药等，充分体现了安全与环境的协调统一。最后，有利于促进绿色产业的发展，在“品种培优、品质提升、品牌打造和标准化生产”的发展战略下，绿色食品发展更加朝着绿色化、优质化、特色化和品牌化方向发展，绿色食品产业将成为“三品一标”和农产品“四化”的最可评价、最可控制，最富有经济、生态和社会效益的产业。
1.持续性的评估和完善。随着人们安全意识和环保意识的提高，对农药的安全性评价会越来越广泛，也会更加全面。应不断地适应毒理研究、膳食暴露、职业健康、环境影响和生产需求等多方面的变化，对现有的农药准备进行评估并适时调整。在现有的允许使用的清单中，仍然有一些产品存在一定风险，归纳起来主要有3大类，即对环境有风险但生产上用量大的品种，如甲氰菊酯；对非靶标生物有影响的品种，如对蜜蜂，吡虫啉、噻虫嗪等；用量大的品种，如抗蚜威等。为了保持和提高准则的合理性，很有必要建立适当的机制来持续修订和完善允许使用农药清单。建议每3～5年对附录A进行一次修订。
2.农药清单更符合环境保护的需求。在保证高质量绿色食品的同时，逐步完善和遴选环境友好的药剂，保护有益昆虫（授粉昆虫、水生昆虫），保护生物多样性。例如，新烟碱类杀虫剂主要包括吡虫啉（imidacloprid）、啶虫脒（acetamiprid）、噻虫胺（clothianidin）、噻虫嗪（thiamethoxam）、噻虫啉（thiacloprid）、呋虫胺（dinotefuran）、硝乙脲噻唑（nithiazine）和烯啶虫胺（nitenpyram）等，种类繁多。新烟碱类杀虫剂可选择性地与昆虫神经系统中的乙酰胆碱受体结合，从而导致昆虫兴奋过度死亡。吡虫啉、噻虫胺和噻虫嗪是新烟碱类杀虫剂中应用较多的3种杀虫剂，噻虫嗪作为新烟碱类杀虫剂的第二代产品，相比以吡虫啉为代表的第一代烟碱类产品具有更多优势，主要表现在对昆虫乙酰胆碱受体的亲和力高于吡虫啉，具有更高的杀虫活性；噻虫嗪在水中溶解度是吡虫啉的8倍，在干旱的情况下，噻虫嗪则明显优于吡虫啉；噻虫嗪的交互抗性水平低；噻虫嗪具有很强的叶片传导活性和根部内吸性，药剂能快速、充分被吸收，当施于土壤或种子上时，很快被根部或刚萌芽的种苗吸收，通过植物体内的木质部向上输送到植株体各部，在植株体内滞留时间长，降解缓慢，其降解产物噻虫胺杀虫活性更高，比吡虫啉持效期更长。但是在研究新烟碱类农药对害虫高效控制的同时，人们也关注了对蜜蜂的影响，主要因为蜜蜂喜欢含新烟碱农药的花蜜，长期采蜜形成了学习模式，试验证明，最常用的吡虫啉、噻虫嗪和噻虫胺对蜜蜂毒性较强，而啶虫脒和噻虫啉则相对低毒。
3.绿色食品农药使用清单与农药残留检测项目协调统一。《绿色食品农药使用准则》中的默认限量规定结合GB 2763的引用，理论上涵盖了所有的农药和绿色食品产品组合，因此，不存在无标评判的问题。建立绿色食品产品标准目录的大类产品允许使用的农药（与农药登记一致）与GB 2763的对应检索列表，作为绿色食品相关产品农药残留检测的依据，逐步实现农药种类在绿色食品生产实际中的应用与产品安全评价、农药残留检测指标的有机结合，达到与农药安全使用准则和食品中农药残留限量标准相统一的目标。
绿色食品是在优良生态环境中按照绿色食品标准生产，实行全程质量控制并获得绿色食品标志使用权的安全、优质食用农产品及相关产品。《绿色食品农药使用准则》是规范和管理绿色食品生产中的农药使用行为，保证绿色食品安全、优质、环保、健康的重要纲领性文件。发展绿色食品是解决优质农产品不充分不平衡矛盾的有效途径，在将来的发展中，绿色食品地位和规模将会成为优质农产品标准化生产的最主要的组成部分，具有广阔的发展前景，同时对《绿色食品农药使用准则》的要求也会越来越高。
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