5、比较全基因组变异图谱及关键途径基因变化分析 全基因组变异图谱分析(WGMP),基因是组分结合每个样品的测序Reads对参考基因组的覆盖情况和SNP、InDel的比较分析结果,以参考序列为标尺,基因把Reads覆盖情况和SNP、组分InDel的比较分布情况展示到环形的变异图谱上。从图上可直观比较Reads薄盖度的基因高低与变异分析结果的分布情况(图6) 赤藓糖醇是戊糖磷酸途径(PPP途径)的代谢产物,途径涉及多个关键基因。组分通过全基因组变异图谱的比较数据深入分析,赤藓糖醇合成途径中的基因关键基因转酮酶TKL1(YALI0_E06479g)有两个碱基发生单核苷酸多态性(SNP)变化:位于染色体CR382131.1上739638、740216位的组分碱基,参考基因组为A、比较T,基因Yarrowia lipolytica BBE-I7为G、组分G,这分别对应转酮酶TKL1的第412位和220位氨基酸。染色体CR382131.1上739638位碱基变化后与原碱基对应的三联密码子是同义密码子,因此氨基酸没有变化。740216位碱基的变化,导致该酶第220位氨基酸由赖氨酸变为谷氨酰胺。赤藓糖还原酶ER(YALI0_F18590g)也有两个碱基发生单核苷酸多态性(SNP)变化:位于染色体CR382132.1上2483635、2483794位的碱基,参考基因组为G、C,Yarrowialipolytica BBE—17为C、T,但是这两个碱基的变化并没有引起赤藓糖还原酶ER的氨基酸序列发生变化。 四、结论与展望 通过比较基因组分析,可以从基因组全局角度了解菌株,然后细致分析与目标途径相关的基因变化。比较基因组结果显示,Yarrowialipolytica BBE—17整个基因组有8078个小片段插与缺失变化(InDel),4256个基因发生了单核苷酸多态性变化(SNP),129个基因组结构变异(SV),142个DNA拷贝数变异(CNV)。但是与赤藓糖醇合成途径(图7>直接相关的只发现有2个关键途径基因TKLi、ER发生单核苷酸多态性变化(SNP),并且仅有一个氨基酸发生改变。 从基因组结构变异和DNA拷贝数变化来说,基本全为缺失型,说明Yarrowialipolytica BBE—17部分代谢活动受到抑制,这可能在一定程度上促进了其赤藓糖醇代谢通路的增强。基于此可以推测:关键途径基因的单核苷酸多态性变化(SNP)并不是Yarrowialipolytica BBE—17菌株具备积累赤藓糖醇能力的主要原因,应该是基因组全局的组装差异使Yarrowialipolytica BBE—17的整体代谢网络与模式菌株不同,这也是目标代谢途径加强和目标产物积累的主要原因。 1998年Stemmer等人提出了基因组重排技术(Genomeshuffling),为分子育种开辟了一条新的思路,但是高随机性和高筛选难度限制了该技术的推广应用。覃重军等人将酵母的16条染色体合并为一条染色体,成功获得了单染色体酵母,为基因组理性编辑和理性基因组工程育种提供了可能。本文通过比较基因组学揭示的研究内容,不仅为进一步优化亚罗解脂酵母生产赤藓糖薛的能力提供信息参考,也向理性基因组工程育种技术的快速发展提出了期待。 声明:本文所用图片、文字来源于《中国食品添加剂》,版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题,请与本网联系。 相关链接:赤藓糖醇,磷酸,氨基酸 |
李想:欢迎拿理想汽车在全国任何地方和特斯拉FSD一起对比,我有信心!little MO&Co 2022冬日新品 勾勒出一个优雅舒适的下午辽宁:开展特殊食品安全总监和安全员监督抽查考核李想:欢迎拿理想汽车在全国任何地方和特斯拉FSD一起对比,我有信心!糕点中4种添加剂含量测定及前处理方法优化研究(四)婴儿舌系带短要不要剪 孕妈妈们看过来哇喔哇喔 拥抱清风 自在徜徉盛夏美好电磁炉为什么用微晶玻璃不用玻璃面板 钢化玻璃和玻璃有什么不同,行业资讯浙江温州启动“铁拳”“亮剑2023”综合执法行动制止餐饮浪费|吉林长春:专项行动整治“舌尖上的浪费”汽车玻璃水检验近八成不合格 不防冻还让挡风玻璃被刮花,经验交流北京:今年已有90万户市场主体办理电子印章宣称养生内裤能治病 会销“讲师”被罚西安高新区:推动企业开办3小时办结再提质韩国发布中国产西兰花进口检查指示泰国首次发生牛结节性皮肤病疫情朝令夕改:中欧光伏贸易迷雾重重,行业资讯天津蓟州:“五措施”严把特种设备安装环节安全关泰国水果加速输华,重点监控12种水果面板业景气回升要靠3月后的新机铺货效应,行业资讯辽宁:推进“三个环境”建设服务经济社会发展玻璃水设备行业现状 ,行业资讯浙江温岭:规范节日市场秩序第二届“玻璃之星”展商颜值投票评选,行业资讯补骨脂的化学成分研究(一)黑龙江哈尔滨开展计量检定机构业务大比武江苏南京:“质量月”主题宣传活动进社区15年Q3宝岛LCD面板与显示器出货分析,行业资讯外卖平台可收看“厨房直播” 上海推进餐饮食品“互联网+明厨亮灶”工程幕墙高水准 观摩促交流 ,行业资讯关于征求国家生态环境标准《水质 半挥发性有机物的测定 气相色谱辽宁本溪:督查落实疫情防控 保障食药消费安全2017年中国大陆面板出货量有望超韩国,行业资讯2022食品安全宣传周幼儿育儿小知识大全,教你如何科学育儿加快推进质量强区建设 天津市河东区举办“质量月”活动启动仪式预氯化对原水管道含氮污染物转化及微生物群落结构的影响(一)前三季电视面板出货 京东方爆进第四,行业资讯人工接种内生真菌 给大麦健康生长上保险介绍双胞胎形成的奥秘